3月1日，全國工商聯環境商會向媒體公開了四份提案。其中，《關于環保行業稅收政策調整的影響與建議》提出，對污水、垃圾、危廢、醫廢、污泥處理等免征增值稅或增加返還比例。

　　2015年6月12日，財政部和國家稅務總局印發了《資源綜合利用產品和勞務增值稅優惠目錄》。該文規定，污水垃圾處理、再生水和污泥處理勞務，自2015年7月1日起征收增值稅。污水、垃圾及污泥處理勞務在繳稅后返還70%，即需要繳納30%的增值稅;再生水產品繳稅后返還50%，即需要繳納50%的增值稅。

　　而在78號文實施前，根據《財政部、國家稅務總局關于污水處理費有關增值稅政策的通知》規定，對各級政府及主管部門委托自來水廠隨 水費收取的污水處理費,免征增值稅。

　　《國家稅務總局關于污水處理費不征收營業稅的批復》也明確，按照營業稅暫行條例規定的營業稅征稅范圍,單位和個人提供的污水處理勞務不屬于營業稅應稅勞務,其處理污水取得的污水處理費,不征收營業稅。

　　3月1日，博天環境集團董事長兼總裁趙笠鈞在環境商會召開的媒體見面會上表示，從實際運行情況來看，78號文不但沒有減少稅負，實際增加了環保企業的稅負負擔。

　　上述提案指出，根據財政部、國家稅務總局《關于增值稅營業稅消費稅實行先征后返等辦法有關城建稅和教育費附加政策的通知》 的規定,對增值稅、營業稅、消費稅實行先征后返、先征后退、即征即退辦法的,除另有規定外,對隨“三稅”附征的城市維護建設稅和教育費附加,一律不予退還。隨增值稅額附征的城市維護建設稅比例為 7%, 教育費附加比例為 3%,地方教育費附加比例為2%。此外還規定，對于返還的增值稅,視同政府補貼收入,征收所得稅。

　　提案指出，上述稅負,累計約占污水、垃圾、危廢處理費收入的4%-7%。造成利潤 率本就很低的環保企業利潤大幅下降,甚至導致一些經營情況本就不好的 環保企業出現虧損。此外，延遲退稅造成環保企業流動資金數額增加，導致了融資數額及相應資金成本提高，運營成本增加。

　　該提案顯示，以污水處理廠為例,按照污水行業平均處理情況：一個日處理5萬噸的污水處理廠,處理單價0.8元/噸,增值稅即征即退70%。執行78號文之前,企業的凈利潤為82.8萬元,執行78號文及營改增之后,企業的凈利潤為30.3萬元,凈利潤下降了63%。

　　自78號文實施以來，有企業反映，部分地區存在“只征不返”或返稅不及時的現象。

　　2016年1月，E20環境平臺曾發起“78號文增值稅收繳、返還情況”的調查。結果顯示，確有部分地區存在未返還或返還不及時的情況。例如，由于“78號文”的目錄對工業固廢列舉不全面，結果導致一些地方稅務機關對目錄中未列舉的工業固廢品類不予享受增值稅退稅70%的政策，使得企業最終實際稅負高達16.5%左右，成本大幅增加。

　　此外，也有部分城市的稅務工作人員由于對新的文件政策不熟悉，或是業務不熟練等原因，導致增值稅退稅70%返稅不及時，影響到了環保企業的現金流，以及項目的再投資。

　　關于“先征后返”的問題，趙笠鈞指出，78號文沒有規定“什么時候征”、“怎么樣返”。他建議78號文應明確上述問題，不讓環保企業有稅負的增加。

　　“如果不做工作，這個返的時間就有極大的不確定性。征了之后再返，可能還會造成一些其他隱性的成本。”趙笠鈞說。

　　《關于環保行業稅收政策調整的影響與建議》提出，對污水、垃圾、危廢、醫廢、污泥處理等免征增值稅或增加返還比例;對即征即退的增值稅免征所得稅;區別對待營改增實施前投產項目和實施后投產項目;對應稅負的增加，啟動調價或補貼機制，用以抵扣稅收政策調整對環保企業的影響。

　　《提案》建議出臺退稅細則，解決延遲退稅的問題，并規范、明確企業辦理退稅應提交的材料。

　　78號文規定：“因違反稅收、環境保護的法律法規受到處罰的，自處罰決定下達的次月起36個月內，不得享受增值稅即征即退政策。”對此，《提案》建議完善相關細則,對于不屬于環保企業原因造成的超標問題，免除“不得享受增值稅即征即退政策”的處罰。